La collection dans les musées :
MUSEE GUIMET
En 1891, le ministère de l'Instruction publique dépose au musée Guimet de Paris les fonds asiatiques du musée d'Ethnographie du Trocadéro, qui comprennent des objets rapportés d'Asie centrale par Charles-Eugène de Ujfalvy. À partir de 1931, le musée Guimet rend progressivement au musée du Trocadéro les collections asiatiques lui ayant été transférées en 1891, dont des parties des collections issues des missions Ujfalvy.
Le musée national des Arts asiatiques Guimet possède encore dans ses collections 6 objets liés à Charles-Eugène de Ujfalvy.
MUSEE D'ETHNOGRAPHIE DE L'UNIVERSITE DE BORDEAUX
En 1904, le musée Guimet envoie des objets au musée des études coloniales de la faculté de Médecine et de Pharmacie de Bordeaux, qui possède actuellement 75 objets associés au nom de Charles-Eugène de Ujfalvy (provenance : Asie centrale et Altaï).
MUSEE DES BEAUX-ARTS DE LYON
Au début du XXe siècle, le musée Guimet de Paris met en dépôt 120 objets des explorations Ujfalvy : la moitié d'entre eux gagne le musée Guimet de Lyon, inauguré en 1913. En 1968, le musée Guimet de Lyon ferme au public et ses collections sont réparties entre le musée gallo-romain, le musée des Beaux-Arts et le muséum (dont les collections se trouvent aujourd’hui au musée des Confluences). Le musée des Beaux-Arts possède dans ses collections des fragments architecturaux timourides des missions Ujfalvy (cf. catalogue de l’exposition
Islamophilies : l’Europe moderne et les arts de l’Islam, qui s’est tenue au musée des Beaux-Arts de Lyon du 2 avril au 4 juillet 2011).
MUSEE DU QUAI BRANLY
A partir de 1930, le musée Guimet restitue au musée d’Ethnographie du Trocadéro, qui devient en 1937 le musée de l’Homme, ses objets asiatiques. En 1943, 624 objets, dont des parties de collections de la mission Ujfalvy à Samarcande, rejoignent le musée de l’Homme. En 1962, ce sont 129 pièces acquises entre 1888 et 1911 et provenant de la Chine, du Japon, de la Corée, du Tibet et de l’Indochine, qui sont transférées ; parmi elles, des œuvres rapportées d’Asie centrale par Charles-Eugène de Ujfalvy. Les collections du musée du quai Branly, ouvert en 2006, ont été constituées, entre autres, de celles du musée de l’Homme. Ainsi, les 39 objets des missions Ujfalvy aujourd’hui conservés au musée du quai Branly proviennent des sections Asie et Arctique du musée de l’Homme.
MUSEE DE L'HOMME
A l'heure actuelle, le musée de l'Homme a dans ses réserves 76 crânes issus des missions de Charles-Eugène de Ujfalvy, dont certains ont été offerts par Ujfalvy à la Société d’anthropologie : celle-ci a en effet donné en 1951, à quelques exceptions près, toutes ses collections à ce musée.
MUSEUM NATIONAL D'HISTOIRE NATURELLE DE PARIS
Le muséum national d’Histoire naturelle de Paris compte aussi 76 crânes, dont un peu plus de la moitié vient également de la Société d’anthropologie.
MUSEE DE SEVRES-CITE DE LA CERAMIQUE
Ce musée a 7 objets liés à Charles-Eugène de Ujfalvy : 5 carreaux, une brique et un buste de Napoléon Ier.
SOCIETE DE GEOGRAPHIE
Les collections photographiques de Charles-Eugène de Ujfalvy sont conservées à la Société de géographie.
MUSEE DU HAVRE
Des objets issus de l'expédition d'Ujfalvy en Asie centrale en 1877-1878, qui étaient conservés au musée du Havre, ont été détruits en 1944 lors des bombardements.